Sélection : Avec la génomique, la fin du testage sur descendance est sur les rails

Franck Mechekour

La vitesse des progrès en sélection génomique a surpris. Hollandais et Américains annoncent la diffusion de taureaux triés par ce biais dans les prochains mois. La France est dans la course.

En simplifiant, désormais une simple prise de sang sur un mâle à la naissance permet
d'évaluer son potentiel génétique sur tous les caractères d'intérêt. Rappelons qu'avec le
testage sur descendance, il s'écoule environ six ans entre la naissance du taureau et la
sortie de ses premiers index.
Scientifiquement parlant, « on pourrait commencer à utiliser en France des taureaux non
testés sur descendances début 2009 », indique Sébastien Fritz, spécialiste à l'Unceia de la
sélection assistée par marqueurs génétiques (SAM).
« Les Américains et les Hollandais annoncent que la fiabilité de la sélection assistée par
marqueurs génétiques, appelée aussi sélection génomique, est désormais suffisante pour
envisager la diffusion de jeunes taureaux avant testage sur descendance. Les résultats
des travaux menés actuellement par l'Inra vont dans le même sens en France », précise
Sébastien Fritz. L'entreprise de sélection hollandaise CRV « annonce qu'elle va
commercialiser de la semence de jeunes taureaux génotypés à partir de septembre 2008 »,
a indiqué Jean-Luc Guérin, directeur d'Amélis, à l'occasion de l'assemblée générale de
l'Union de coopératives qui s'est déroulée le 10 juin à Avranches dans la Manche.






Sébastien Fritz, spécialiste de la sélection assistée par marqueurs à l'Unceia.  (DR)

Sébastien Fritz, spécialiste de la sélection assistée par marqueurs à l'Unceia. (DR)

Une rupture technologique

Cette évolution dans le paysage de la sélection n'est pas une surprise en soi. Par contre,
c'est la rapidité des travaux de génomique (étude des effets de l'ensemble des gènes) qui
surprend. « Il est vraisemblable que, dès l'automne 2008, la SAM conduite par l'Inra et
l'Unceia permettra de garantir en routine des résultats très fiables pour les jeunes taureaux
avant testage sur descendance pour toutes les entreprises de sélection des trois grandes
races françaises, explique Sébastien Fritz. Il est cependant impossible de dire aujourd'hui
quelle part représentera ce type de jeunes reproducteurs dans le marché de la semence
dans les mois qui viennent, aussi bien en France qu'à l'étranger. »

Variabilité génétique

La SAM « constitue une véritable rupture technologique », a indiqué Jacques Coquelin, le
président d'Amélis. « Dans quelques années, et peut-être même dans quelques mois, la
puissance des schémas de sélection ne se mesurera plus en nombre de taureaux testés,
mais en rapport avec la capacité à génotyper un grand nombre de jeunes reproducteurs. Et
le génotypage sur un grand nombre de marqueurs permettra de proposer une gamme de
taureaux plus importante et donc de répondre à une demande plus individualisée. »
Selon Jean-Luc Guérin, directeur d'Amélis, la SAM va également apporter un plus en
termes de variabilité génétique, parce qu'étant beaucoup moins coûteuse que le testage sur
descendance elle va permettre « d'aller chercher partout dans le monde des montages
génétiques qui n'auraient pas forcément été utilisés en sélection classique ».




Beaucoup moins coûteuse

Michel Tissier, directeur d'Umotest, reste cependant prudent. « Nous nous sommes
beaucoup impliqués avec succès dans les travaux de recherche sur la SAM de première
génération (2001 à 2008). Avec la SAM 2, de deuxième génération, nous faisons un
véritable bond en avant. Mais, pour autant, nous ne voulons pas « griller » les étapes de la
fiabilité. En Montbéliarde, nous n'utiliserons des taureaux issus uniquement de la sélection
génomique que lorsque la fiabilité des index (coefficient de détermination d'au moins 0,60) et
le nombre de caractères indexés seront suffisants. » Actuellement avec la SAM 2, « seuls
quinze caractères sont indexés, auxquels il faut ajouter l'Inel et un index équivalent à l'ISU,
contre quarante-quatre caractères pour les taureaux issus de testage sur descendance ».

Importants mouvements d'index

La sélection génomique va changer les rapports entre les entreprises de sélection et les
éleveurs. Annonce-t-elle également la fin du contrôle de performances ? La SAM ne rime
pas, « et ne rimera jamais », selon Sébastien Fritz, avec la fin du contrôle de performance,
« bien au contraire ».
Les performances « permettent de confirmer les index SAM des taureaux et de ré-estimer
régulièrement les effets de chaque région du génome ». Sans performances, « l'efficacité
de la SAM, et donc des programmes de sélection, baisserait rapidement génération après
génération ». L'intégration des performances de filles dans les évaluations génétiques
demeure donc une nécessité. « La SAM appartient encore à ce jour au domaine de la
recherche. On vit actuellement sa mise en oeuvre pratique. Pour la plupart des caractères,
sa précision demeurera néanmoins inférieure à celle du testage sur descendance.
D'importants mouvements d'index sont donc à prévoir pour certains jeunes taureaux. Cela
obligera les entreprises de sélection à diffuser deux à trois fois plus de taureaux pour
garantir le progrès génétique », commente Sébastien Fritz.
D'ici « deux à trois ans, les races laitières à faibles effectifs pourront également bénéficier
de la sélection génomique ».


Source Réussir Lait Elevage Juillet-Août 2008

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