Effluents d'élevage : FUMIERS ET LISIERS : LES PRECAUTIONS D'UTILISATION POUR UNE PREVENTION SANITAIRE ADAPTEE

Dr Didier GUERIN

Les fumiers et lisiers constituent des sources potentielles de contamination. Pour chaque élevage, la connaissance du niveau potentiel de risques détermine les précautions adéquates d'utilisation pour une prévention sanitaire raisonnée.

De nombreux agents pathogènes responsables de maladies infectieuses ou parasitaires sont présents dans les secrétions ou les déjections animales, fécales ou autres. Les effluents d'élevage dont les fumiers ou lisiers sont concernés par cette situation et demandent donc la mise en place de précautions particulières lors de leur utilisation.

Une population bactérienne conséquente, une présence virale persistante, quelques parasites de stabulation particulièrement résistants

Les effluents concentrent en premier lieu les bactéries responsables des diarrhées, excrétées avec les fèces. De plus, les eaux foetales, les sécrétions utérines et vaginales, les placentas peuvent contenir en grandes quantités les agents responsables des avortements et des infections génitales des ruminants. Enfin, des bactéries responsables de diverses infections cutanées, podales, ombilicales, rénales peuvent être évacuées vers les effluents avec les suppurations, l'urine et divers excrétats. A l'exception des formes sporulées, la durée des risques engendrés va de quelques jours à quelques mois.
Les virus persistent plusieurs mois dans les déjections à des concentrations élevées. Ils ne sont que faiblement touchés par les fermentations et par l'élévation de température. Quelques maladies virales animales peuvent être occasionnellement transmises par les effluents d'élevage comme les gastro-entérites dues aux coronavirus ou rotavirus.
Quelques parasites assurent leur recyclage par les bouses en stabulation, c'est le cas des coccidies et cryptosporidies ou des ascaris et strongyloïdes.

Des pathologies particulièrement à risques

En matière de diarrhées néonatales, le risque d'infection bactérienne et virale et d'infestation par les ookystes (coccidies, cryptosporidies) est élevé et durable. Les virus sont très persistants dans leur environnement. La pathologie observée évolue rapidement vers un stade d'épidémie avec des veaux présentant des excrétions massives d'éléments contaminant et donc une contamination massive du milieu.
Les clostridies sont très résistantes dans le milieu extérieur. Sous leur forme de spore, elles peuvent survivre plusieurs années voire plusieurs dizaines d'années. Les maladies, les plus connues, dues aux clostridies rencontrées dans les élevages s'avèrent être les suivantes : entérotoxémies, tétanos, botulisme.
La principale caractéristique de Mycobacterium paratuberculosis, germe responsable de la paratuberculose est son extrême résistance dans le milieu extérieur, en particulier en terrain humide et acide. La persistance du germe dans les fumiers est de l'ordre de 150 jours.

Une variabilité des risques selon le type d'effluent d'élevage

Les deux facteurs principaux du niveau de risque de transmission de maladies à partir du stockage et de l'utilisation agronomique des effluents d'élevage, outre la pathogénécité propre des agents des contenus, sont leur concentration initiale dans l'effluent stocké puis épandu et leurs caractéristiques biochimiques spécifiques. Or, ces dernières s'expriment plus ou moins facilement selon la nature du substrat.

Un effet thermique épurateur dans les fumiers

Les fumiers contiennent une forte proportion de cellules générant des fermentations dont les processus thermiques très importants limitent considérablement la survie des agents infectieux et des parasites. La teneur en matières solides et la température élevée atteinte des fumiers expliquent leur effet épurateur en quelques semaines. Par rapport aux fumiers, dans les composts, les réactions biochimiques en milieu aérobie provoquent des élévations de températures plus rapides et plus intenses d'une dizaine de degrés environ. Toutefois, diverses parties de ces deux types d'effluents n'atteignent pas uniformément des températures élevées : les parties superficielles du fait d'échanges thermiques avec l'air ambiant et les parties profondes si la quantité de paille est insuffisante. Il faut environ 8 kg de paille par animal et par jour pour atteindre 60°C en fermentation anaérobie et 70°C en fermentation aérobie. Si la durée de stockage du fumier, sans nouvel apport quotidien, est de l'ordre d'un mois, on obtient un seuil de sécurité suffisant.

Une persistance plus longue au sein des lisiers

Dans les lisiers de bovins, la température reste assez basse et assez constante (20 à 30°C). Ce phénomène est favorable à une survie des bactéries plus longue dans ce type d'effluent que dans les fumiers et dans les composts. Mais la compétition pour les substrats nutritifs avec les bactéries commensales, ces dernières étant beaucoup plus nombreuses, entraîne une disparition des bactéries pathogènes avec des durées de stockage de deux mois s'il n'y a pas de réensemencement quotidien par les fèces des animaux excréteurs. La seule difficulté du contrôle de la contamination des fosses reste la latence entre l'épandage et le remplissage total des fosses.

 

Des précautions particulières lors de diarrhées néonatales ou de paratuberculose

Certains agents pathogènes s'avèrent plus résistants. La période d'un mois pour les fumiers ou deux mois pour le lisier se trouve alors insuffisante pour permettre un assainissement des effluents. Cela concerne essentiellement les diarrhées néonatales (résistance des agents viraux et parasitaires) et la paratuberculose (extrême résistance de Mycobacterium paratuberculosis). Cela implique qu'en cas de processus épidémique de diarrhée ou de présence de paratuberculose dans son élevage, l'utilisation des fumiers sur les prairies, en particulier pâturées par les jeunes, est à proscrire ou ne peut être réalisée qu'après une mise en tas minimum de 6 mois.

 

Conclusion

Les précautions sanitaires à prendre par rapport aux engrais de ferme se déroulent en trois étapes. Cela nécessite d'abord une connaissance du niveau de contamination des effluents utilisés. La concentration de microbes pathogènes découle des pathologies observées dans l'élevage. Une attention particulière sera portée sur les pathologies à germes résistants (diarrhées néonatales, pathologies à clostridies, paratuberculose). Une période de stockage (sans nouvel apport quotidien) d'un mois pour les fumiers ou composts (bonnes pratiques de réalisation nécessaires) ou de deux mois pour les lisiers permet d'obtenir un seuil de sécurité suffisant. En cas de présence de pathologie à germes résistants, l'action sera adaptée (non-utilisation sur prairies pâturées, durée de stockage augmentée). Les risques résiduels résultant de l'utilisation agronomique des effluents d'élevage sont surtout ceux de la contamination directe de l'eau des mares ou des cours d'eau. De plus, n'oublions pas dans nos éléments de prévention la désinfection des matériels de transport et de manipulation des différents effluents d'élevage, en particulier pour ceux utilisés collectivement. Enfin, là aussi, comme dans toute action sanitaire de prévention, l'action doit être individuelle mais aussi collective afin d'éviter les contaminations de voisinage (transmission par l'eau).

Source Groupement de Défense Sanitaire du Cheptel Creusois

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