Les litières. Une source de contamination à maîtriser

Dr Didier GUERIN

Les litières. Une source de contamination à maîtriser

La gestion des litières => Les litières constituent des sources potentielles de contamination. Pour chaque élevage, la connaissance du niveau de risques détermine les précautions adéquates d’utilisation pour une « Sanitaire’ Attitude » adaptée.

En résumé,

La gestion des litières représente une composante de la « Sanitaire’ Attitude » (cf. article du 01/03/2013), elle constitue un facteur de risque à évaluer et maîtriser en fonction des spécificités de son élevage, elle peut se résumer de la manière suivante :

  • La litière peut être facteur de dynamique de contamination (cf. article du 16/11/2012) => contrôler la température de la litière et curer lorsqu’elle atteint 36°C.
  • Le stockage est épurateur => une période de stockage (sans nouvel apport quotidien) d’un mois pour les fumiers ou composts ou de deux mois pour les lisiers permet d’obtenir un seuil de sécurité suffisant.
  • La présence de pathologie à germes résistants (diarrhées néonatales, pathologies à clostridies, paratuberculose…) nécessite une phase d’épuration plus longue => non-utilisation sur prairies pâturées ou durée de stockage augmentée à 6 mois.
  • Une contamination des matériels de transport et de manipulation des différents effluents d’élevage intervient => désinfection en particulier pour les matériels utilisés collectivement.
  • La présence de pathologie (diarrhées néonatales, coccidioses, paratuberculose…) entraîne une contamination des bâtiments d’élevage => désinfection des stabulations concernées.

De nombreux agents pathogènes responsables de maladies infectieuses ou parasitaires sont présents dans les secrétions ou les déjections animales, fécales ou autres. Les fumiers sont concernés par cette situation et demandent donc la mise en place de précautions particulières lors de leur gestion.

Une population bactérienne conséquente, une présence virale persistante, quelques parasites de stabulation particulièrement résistants

Les litières concentrent en 1er lieu les bactéries responsables des diarrhées, excrétées avec les fèces. De plus, les eaux fœtales, les sécrétions utérines et vaginales, les placentas peuvent contenir en grandes quantités les agents responsables des avortements et des infections génitales. Enfin, des bactéries responsables de diverses infections cutanées, podales, ombilicales, rénales peuvent être évacuées vers les effluents avec les suppurations, l’urine et divers excrétats. A l’exception des formes sporulées, la durée des risques engendrés va de quelques jours à quelques mois. Les virus persistent plusieurs mois dans les déjections à des concentrations élevées. Ils ne sont que faiblement touchés par les fermentations et par l’élévation de température. Quelques maladies virales animales peuvent être occasionnellement transmises par les effluents d’élevage comme les gastro-entérites dues aux coronavirus ou rotavirus. Quelques parasites assurent leur recyclage par les bouses en stabulation, c’est le cas des coccidies et cryptosporidies ou des ascaris et strongyloïdes.

Des pathologies particulièrement à risques

En matière de diarrhées néonatales, le risque d’infection bactérienne et virale et d’infestation par les ookystes (coccidies, cryptosporidies) est élevé et durable. Les virus sont très persistants dans leur environnement. La pathologie observée évolue rapidement vers un stade d’épidémie avec des veaux présentant des excrétions importantes d’éléments contaminants et donc une contamination massive du milieu. Les clostridies sont très résistantes dans le milieu extérieur. Sous leur forme de spore, elles peuvent survivre plusieurs années voire plusieurs dizaines d’années. Les maladies, les plus connues, dues aux clostridies rencontrées dans les élevages sont les suivantes : entérotoxémies, tétanos, botulisme. La principale caractéristique de Mycobacterium paratuberculosis, germe responsable de la paratuberculose est son extrême résistance dans le milieu extérieur, en particulier en terrain humide et acide. La persistance du germe dans les fumiers est de l’ordre de 150 jours.

Les litières. Une source de contamination à maîtriser

Un effet thermique accélérateur de la dynamique de contamination en stabulation…

Au delà de son implication dans la concentration des germes émis par les animaux par leurs différentes sécrétions (fèces, urines, sécrétions utérines et vaginales…), la litière peut être un agent accélérateur de la dynamique de contamination lorsqu’elle se trouve dans des conditions favorables à la multiplication microbienne. Une litière humide (ventilation insuffisante) et/ou épaisse (paillage surabondant, curage insuffisant) constitue un facteur de risque important. Ce risque est quantifiable par la prise de la température de la litière à 10 cm de profondeur qui ne doit pas excéder 36°C. Une limitation de la dynamique de contamination demande donc que le fumier soit retiré lorsque la température interne de la litière atteint ou dépasse 36°C.

… puis épurateur dans les fumiers

Les fumiers contiennent une forte proportion de cellules générant des fermentations dont les processus thermiques très importants limitent considérablement la survie des agents infectieux et des parasites. La teneur en matières solides et la température élevée atteinte des fumiers expliquent leur effet épurateur en quelques semaines. Par rapport aux fumiers, dans les composts, les réactions biochimiques en milieu aérobie provoquent des élévations de températures plus rapides et plus intenses d’une dizaine de degrés environ. Toutefois, diverses parties de ces deux types d’effluents n’atteignent pas uniformément des températures élevées : les parties superficielles du fait d’échanges thermiques avec l’air ambiant et les parties profondes si la quantité de paille est insuffisante. Il faut environ 8 kg de paille par animal et par jour pour atteindre 60°C en fermentation anaérobie et 70°C en fermentation aérobie. Si la durée de stockage du fumier, sans nouvel apport quotidien, est de l’ordre d’un mois, on obtient un seuil de sécurité suffisant.

Les litières. Une source de contamination à maîtriser

Une persistance plus longue au sein des lisiers

Dans les lisiers de bovins, la température reste assez basse et assez constante (20 à 30°C). Ce phénomène est favorable à une survie des bactéries plus longue dans ce type d’effluent que dans les fumiers et dans les composts. Mais la compétition pour les substrats nutritifs avec les bactéries commensales, ces dernières étant beaucoup plus nombreuses, entraîne une disparition des bactéries pathogènes avec des durées de stockage de deux mois s’il n’y a pas de réensemencement quotidien par les fèces des animaux excréteurs. La seule difficulté du contrôle de la contamination des fosses reste la latence entre l’épandage et le remplissage total des fosses.

Des précautions particulières lors de diarrhées néonatales ou de paratuberculose

Certains agents pathogènes s’avèrent plus résistants. La période d’un mois pour les fumiers ou deux mois pour le lisier se trouve alors insuffisante pour permettre un assainissement des effluents. Cela concerne essentiellement les diarrhées néonatales (résistance des agents viraux et parasitaires) et la paratuberculose (extrême résistance de Mycobacterium paratuberculosis). Cela implique qu’en cas de processus épidémique de diarrhée ou de présence de paratuberculose dans son élevage, l’utilisation des fumiers sur les prairies, en particulier pâturées par les jeunes, est à proscrire ou ne peut être réalisée qu’après une mise en tas minimum de 6 mois.

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