Mieux préserver la variabilité génétique

Sophie Bourgeois

Mieux préserver la variabilité génétique
Les populations constituées par les races bovines allaitantes, même les plus importantes en effectif, sont de toute petite taille à l'échelle de la génétique. - © S. Bourgeois

La santé génétique des races allaitantes bovines est très bonne. Cependant, la variabilité génétique diminue et des efforts de gestion sont à mettre en place pour bien gérer le « trésor des familles ».

Un suivi annuel de la variabilité génétique

Depuis 1996, la variabilité génétique des différentes races bovines a pu faire l'objet d'études ponctuelles. De 2012 à 2014, le programme Varume (Variabilité génétique des ruminants et des équidés) a défini les indicateurs les plus appropriés et mis une procédure en routine pour évaluer périodiquement la variabilité génétique à partir de tableaux de bord à destination des gestionnaires des populations animales (1). La première publication annuelle a été réalisée en 2015. Elle permet d'estimer la qualité de la généalogie (niveau d'information par rang d'ascendance, nombre moyen de générations remontées et d'ancêtres connus,…) et des critères démographiques (pyramide des âges des femelles actives,…). La généalogie et des données génotypiques permettent cette évaluation.

(1) Casdar piloté par l'Institut de l'Élevage, avec l'Inra, Races de France, Allice, l'Institut français du cheval et de l'équitation (IFCE) et la Fondation pour la recherche en biodiversité (FRB)

Pour la variabilité génétique, les races bovines allaitantes font figure de premières de la classe vis-à-vis des races bovines laitières, mais aussi des ovins viande, des ovins et caprins laitiers et des races à petit effectif. C'est ce qu'ont montré les résultats du programme Varume (voir encadré). « Le nombre moyen d'ancêtres efficaces est de 105 en races allaitantes contre 27 en races laitières, situe Coralie Danchin-Burge de l'Institut de l'Élevage. Mais on constate une érosion certaine de la variabilité génétique pour presque toutes ces races. »

Garder un oeil vigilant sur les indicateurs

« Le niveau de consanguinité augmente logiquement au fur et à mesure que les généalogies sont mieux connues. C'est le niveau de cette augmentation qu'il faut surveiller", explique la spécialiste. La diffusion du progrès génétique induit aussi inévitablement une baisse de la variabilité génétique, à moins d'une gestion spécifique par des accouplements programmés pour que le taux de consanguinité des produits à naître soit le plus faible possible. Le "star-system » pour certains taureaux d'insémination est à proscrire, car il peut avoir des conséquences nocives et rapides sur la variabilité génétique. « On sait que le renouvellement des lignées d'IA n'est pas toujours évident et peut créer des goulets d'étranglement. » La sélection génomique, à condition d'être bien gérée, offre un puissant levier pour concilier variabilité et progrès génétique. En effet, le nombre de taureaux génomiques mis en service est beaucoup plus important qu'avec la sélection classique et ils ont moins de descendants en moyenne. Il faut, pour favoriser la variabilité génétique, utiliser toujours la génération la plus récente des taureaux génomiques mis en service. Il serait intéressant de disposer d'un outil, déjà existant en races laitières, pour que l'éleveur puisse calculer en un clic le taux de consanguinité d'un veau à naître, en appui au planning d'accouplement.

« La consanguinité proche est beaucoup plus nocive que la consanguinité lointaine à six, sept ou huit générations », précise Coralie Danchin-Burge. Les accouplements père sur fille ou grand-père sur petite fille sont évidemment très délétères. Or, en races allaitantes, il y a davantage de consanguinité proche qu'en races laitières. La monte naturelle peut en effet compliquer la gestion des accouplements et il faut aussi penser à diversifier les cheptels naisseurs des taureaux. « Les accouplements entre apparentés ne constituent cependant pas un problème au niveau racial si ce ne sont pas les mêmes origines qui sont concentrées par différents élevages. Il suffirait de croiser entre eux ces troupeaux pour recréer de la diversité. Ce serait un problème si les lignées consanguines étaient les mêmes. »

La consanguinité est comme un facteur de stress supplémentaire

« La consanguinité est comme un facteur de stress supplémentaire. Elle affecte la globalité de l'animal », explique Coralie Danchin-Burge. L'accroissement de consanguinité est responsable d'une baisse de la moyenne des performances principalement pour les caractères sélectionnés. Un autre effet néfaste de la consanguinité est l'accroissement à court terme de la proportion d'animaux atteints par une anomalie génétique à déterminisme simple, sous le simple effet de l'augmentation du taux d'animaux homozygotes (voir ci-dessous). Il est aussi indispensable de préserver la variabilité génétique parce que le progrès génétique pour les caractères d'intérêt y est corrélé. « Elle est le carburant de la sélection. » Il faut aussi garder à l'esprit que les populations constituées par les races bovines allaitantes, même les plus importantes en effectif, sont de toute petite taille à l'échelle de la génétique.

Il faut maintenir la variabilité génétique pour pouvoir adapter les races aux évolutions de sélection dans les années à venir, à la fois pour les caractères sélectionnés aujourd'hui et pour ceux que l'on souhaiterait sélectionner demain. La variabilité génétique permet également à une race d'être exploitée dans des milieux différents, que ce soit aujourd'hui hors de son berceau ou dans le futur.

Source Réussir Bovins Viande

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