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Salmonelles : optimiser la surveillance en filières animales par l’approche génomique

Institut du Porc IFIP

Salmonelles : optimiser la surveillance en filières animales par l’approche génomique

Actalia, l’Ifip et l’Anses à Maisons-Alfort sont partenaires du projet Emissage qui a pour objectif d’établir une discrimination précise des isolats de Salmonella par analyse génomique, afin de d’aider les industriels des filières porcine et laitière dans la surveillance et dans le choix de leurs mesures sanitaires.

La sécurité sanitaire dans les filières animales est un enjeu majeur pour leur compétitivité et leur pérennité. La surveillance des dangers microbiologiques dans les chaînes alimentaires entre dans la nouvelle ère de la révolution génomique à haut-débit. Pour faire face à ce défi et appliquer sur le terrain ces nouveaux outils d’analyse des génomes bactériens, Actalia (coordinateur), l’Ifip et l’Anses à Maisons-Alfort sont partenaires du projet Emissage, financé par le Casdar, suite à l’appel à projets recherche technologique de 2017.

En s’appuyant sur des campagnes de prélèvements sur le terrain dans deux contextes sanitaires problématiques au sein des filières porcines et laitières, les objectifs du projet sont les suivants :
- Constituer le noyau d’une collection de référence de génomes de Salmonella Mbandaka (filière laitière) et S. Typhimurium et son variant monophasique S. 1,4,[5],12:i:-  (filière porcine) par séquençage des génomes entiers (WGS) ;
​- Développer un ensemble de pipelines bio-informatiques automatisés de traitement et d’analyse des données génomiques permettant leur transfert au sein des instituts techniques, qui les mettront au service des professionnels ;
- Construire une base de données génomiques anonyme gérée par les instituts techniques dans laquelle seront intégrées les données génomiques associées aux données épidémiologiques ;
- Identifier des marqueurs génétiques épidémiologiques et de risques permettant la traçabilité simple et rapide des isolats, issus des autocontrôles ;
​- Rédiger un guide des mesures sanitaires à mener fondées sur la connaissance scientifique du risque.

D’une durée de 42 mois, le projet Emissage a démarré en janvier 2018.

Contact :  carole.feurer@ifip.asso.fr

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