Litières et effluents d’élevage. Une source de contamination à maîtriser

De nombreux agents pathogènes responsables de maladies infectieuses ou parasitaires sont présents dans les secrétions ou les déjections animales, fécales ou autres. Les fumiers et lisiers sont concernés par cette situation et demandent donc la mise en place de précautions particulières lors de leur gestion.

Une population bactérienne conséquente...

Les litières concentrent les bactéries excrétées avec les fèces. De plus, les eaux fœtales, les sécrétions utérines et vaginales, les placentas peuvent contenir en grandes quantités les agents responsables des avortements et des infections génitales des ruminants. Enfin, des bactéries responsables de diverses infections cutanées, podales, ombilicales, rénales peuvent être évacuées vers les effluents avec les suppurations, l'urine et divers excrétas. La durée des risques engendrés va de quelques jours à quelques mois suivant les bactéries et le milieu. Les bactéries comme les clostridies peuvent s'enkyster et les spores survivent plusieurs années voire plusieurs dizaines d'années. Elles sont responsables des entérotoxémies, du tétanos, du charbon ou du botulisme.

... une présence virale persistante...

Les virus persistent plusieurs mois dans les déjections à des concentrations élevées et ne sont que faiblement touchés par les fermentations et l'élévation de température. Des maladies virales animales peuvent être transmises par les effluents d'élevage comme les gastro-entérites dues aux coronavirus ou rotavirus, ou la grippe aviaire. Le risque est accru en cas d'accès libre à l'eau, lorsque les animaux boivent dans des eaux de surface.

... et quelques parasites de stabulation particulièrement résistants

Des parasites assurent leur recyclage par les bouses en stabulation, c'est le cas des coccidies et cryptosporidies ou des ascaris et strongyloïdes (cf. article du 31/01/2018). La persistance des ookystes de coccidies peut atteindre 2 ans.

Un facteur majeur pour certaines pathologies

Pour les diarrhées néonatales, le risque d'infection bactérienne et virale et d'infestation par les ookystes (coccidies, cryptosporidies) est donc élevé et durable. La pathologie évolue rapidement vers un stade d'épidémie avec des veaux présentant des excrétions massives d'éléments contaminants et donc une forte contamination du milieu. Les effluents jouent également un rôle majeur dans le développement de la salmonellose, de la listériose ou des mammites dites d'environnement.

Un effet thermique accélérateur de la dynamique de contamination en stabulation...

Au-delà de la concentration des germes émis par les animaux dans leurs différentes sécrétions (fèces, urines, sécrétions utérines et vaginales...), la litière accélère la dynamique de contamination (augmentation du nombre de germes) lorsqu'elle est humide (ventilation insuffisante) et/ou épaisse (paillage surabondant, curage insuffisant). Ce risque est quantifiable par la prise de la température de la litière à 10 cm de profondeur qui ne doit pas excéder 36°C. Le fumier est donc à retirer lorsque la température interne de la litière atteint ou dépasse 36°C. L'usage d'asséchant litière, s'il peut être intéressant pour la quantité de paille utilisée, ne présente pas de garantie en matière sanitaire.

... puis épurateur dans les fumiers

Les fumiers contiennent une forte proportion de cellules générant des fermentations dont les processus thermiques limitent la survie des agents infectieux et des parasites. La teneur en matières solides et la température élevée atteinte des fumiers expliquent leur effet épurateur en quelques semaines. Par rapport aux fumiers, dans les composts, les réactions biochimiques en milieu aérobie provoquent des élévations de température plus rapides et plus intenses d'une dizaine de degrés environ. Toutefois, diverses parties de ces deux types d'effluents n'atteignent pas uniformément des températures élevées : les parties superficielles du fait d'échanges thermiques avec l'air ambiant et les parties profondes si la quantité de paille est insuffisante. 8 kg de paille par animal et par jour sont nécessaires pour atteindre 60°C en fermentation anaérobie et 70°C en fermentation aérobie. Si la durée de stockage du fumier, sans nouvel apport quotidien, est de l'ordre d'un mois, on obtient un seuil de sécurité suffisant pour la plupart des pathogènes.

Une persistance plus longue au sein des lisiers

Dans les lisiers, la température reste assez basse et assez constante (20 à 30°C). Ce phénomène est favorable à une survie des bactéries plus longue dans ce type d'effluent que dans les fumiers et dans les composts. Mais la compétition pour les substrats nutritifs avec les bactéries commensales (les plus nombreuses), entraîne une disparition des bactéries pathogènes avec des durées de stockage de deux mois s'il n'y a pas de réensemencement quotidien par les fèces des animaux excréteurs. La seule difficulté du contrôle de la contamination des fosses reste la latence entre l'épandage et le remplissage total des fosses.

Des précautions particulières pour certaines pathologies

Certains agents pathogènes sont plus résistants. La période d'un mois pour les fumiers ou deux mois pour le lisier se trouve alors insuffisante pour assainir des effluents. Cela concerne les diarrhées néonatales (résistance des agents viraux et parasitaires) et la paratuberculose (résistance de plus de 5 mois dans les bouses). Ainsi, en cas de présence de diarrhées néonatales ou de paratuberculose dans son élevage, l'utilisation des fumiers sur les prairies, en particulier pâturées par les jeunes, est à proscrire ou ne peut être réalisée qu'après une mise en tas de 6 mois minimum.

En cas d'avortements dus à la fièvre Q, des précautions sont à prendre pour l'épandage du fumier. Cette maladie est une zoonose, la transmission de la bactérie se fait surtout par voie respiratoire, favorisée par l'épandeur avec des aérosols contaminés.