GD Scan. La génomique débarque en Charolais !

Marc LABILLE - Journaliste L’Exploitant Agricole de Saône-et-Loire

Patrick Desbrosses, président de la section charolaise de Gènes Diffusion et François Desmons, directeur général du groupe dévoilant « GD Scan charolais » le 3 octobre dernier au Sommet de l’élevage

Le 3 octobre dernier au Sommet de l’élevage, Gènes Diffusion et ses coopératives adhérentes (dont ELVA NOVIA) dévoilaient le premier kit de génotypage pour bovins charolais. L’évaluation génomique des animaux charolais est désormais opérationnelle et elle est ouverte à tous les éleveurs.

Cette innovation est l’aboutissement de dix années de recherches menées par l’entreprise de sélection collective. En 2009, Gènes Diffusion dont le siège est à Douai (59) s’est dotée de sa propre plateforme génomique dénommée « GD Scan ». Située sur le site de l’Institut Pasteur de Lille, cette plateforme de recherches appliquées « développe des outils de biotechnologies destinées au monde de l’élevage. Laboratoire agréé de génotypage multi espèces, elle alimente désormais le système français d’indexation génomique en routine, tout en conduisant des projets spécifiques ».

Un programme pour la race charolaise a été initié dès 2009. De par sa population d’animaux au sein du berceau, la coopérative Elvanovia en est l’un des principaux contributeurs. Une vaste campagne de collecte de phénotypes a été entreprise sur la zone entre 2010 et 2011. 15 caractères ont été relevés sur un panel de 8.500 vaches appartenant à 413 élevages. Une population de référence couvrant un maximum de familles génétiques et représentatives des pères les plus utilisés. Les quinze caractères portaient sur les mamelles, les trayons, les membres et le comportement des vaches. Autant d’aspects qui n’étaient pas spécialement « sélectionnés » jusqu’alors. Les données collectées (phénotypes observés + génotypes des individus) ont fait l’objet d’un gros travail d’analyses statistiques au sein du laboratoire GD Scan. Après avoir établi la relation entre phénotypes et génotypes, une équation de prédiction a pu être élaborée. Cette dernière permet, à partir du génotypage d’un candidat (prélèvement d’ADN), de prévoir directement son phénotype (qualités de mamelles, comportement) sans devoir attendre l’évaluation sur descendance et ce dès sa naissance.

Mise au point d’une indexation génomique

Pour chacun des quinze caractères évalués génomiquement, l’animal reçoit une note comprise entre 1 et 10. Pour plus de commodité, les quinze caractères ont été combinés au sein de six index ou « prédicteurs génomiques de synthèse », détaille Amélie Vallée, ingénieure génétique à Gènes Diffusion. Ces six prédicteurs morphologie/comportement ont été complétés par quatre autres prédicteurs de production. Ces derniers ont été établis à partir de 30.000 données brutes de performances également collectées sur le terrain (poids naissance, conditions de naissance, poids âge type 210 jours).

C’est une véritable indexation génomique qui vient ainsi d’être mise au point par « GD Scan Charolais ». Elle permet une évaluation génomique des candidats sur dix critères : 4 de production (naissance, croissance, vêlage, lait), 4 de morphologie (longévité mamelle, fonctionnement trayons, solidité aplombs arrières, locomotion) et 2 de comportement (comportement, instinct maternel).

Coopérative du berceau de race, Elvanovia a beaucoup œuvré à la mise au point de cette nouvelle indexation génomique charolaise.

Accessible à toutes les femelles

Cette nouvelle possibilité va se révéler « précieuse pour le renouvellement des femelles d’un élevage », assure Sébastien Landemaine, responsable génétique schéma charolais Gènes Diffusion. Elle apporte de nouvelles informations, par exemple pour sélectionner sur l’amélioration des mamelles ou des trayons. Ces nouveaux prédicteurs génomiques ont aussi l’avantage d’être accessibles à toutes les femelles. Cette évaluation génomique pourra être couplée à la recherche du gène culard ou encore du gène sans corne, voire à une filiation : une certification de parenté par vérification de comptabilité génétique devrait être prochainement opérationnelle. Un seul prélèvement d’ADN le permettra.

Bien entendu, « ces nouveaux prédicteurs vont être utiles à la maîtrise des accouplements. Ce sera aussi une avancée capitale pour le schéma de sélection. En amont, ils permettront la sélection d’animaux intéressants, d’optimiser les mères à taureaux et les embryons. La sélection génomique nous permettra aussi d’aller chercher d’autres vaches dans des lignées peu utilisées et qu’on aurait écartées autrement. C’est aussi la réduction de l’intervalle génération », fait valoir Sébastien Landemaine.

Opportunité pour la monte naturelle

Côté mâles, ces nouveaux prédicteurs génomiques figurent d’ores et déjà sur le catalogue des taureaux d’insémination « Charolais Optimal ». Les utilisateurs de taureaux d’insémination bénéficient ainsi dès à présent des avancées de la sélection génomique. Les nouvelles informations permettent d’identifier les taureaux améliorateurs sur les critères évalués génomiquement. Gènes Diffusion propose notamment cinq taureaux génomiques « Prémium », améliorateurs en « docilité, solidité, broutards et renouvellement ».

Ces nouveaux prédicteurs génomiques offrent une opportunité nouvelle pour les taureaux de monte naturelle (87% des saillies charolaises). Pouvant ainsi être évalués dès la naissance, les mâles pourront bénéficier d’une « qualification génomique » précoce, permettant d’anticiper la sélection et de moins subir le renouvellement. Ne pouvant saillir qu’à l’âge de 15 – 18 mois, un taureau ne donne ses premiers veaux qu’à 27 mois et ses filles ne vêleront que 3 ans plus tard… L’évaluation génomique précoce d’un taureau permettra de gagner 9 mois sur l’évaluation de son potentiel ; 16 mois sur sa croissance ; 41 mois sur son potentiel vêlage des filles et 4 ans sur le potentiel laitier de ses filles… Quatre années durant lesquelles le taureau aurait engendré 4 cohortes de femelles soit entre 20 et 80% du cheptel ! Un préjudice qui peut être considérable, explique Sébastien Landemaine

Kit de prélèvement disponible

Le génotypage « GD Scan » de la voie femelle est disponible depuis le mois de juillet et celui de la voie mâle vient d’être mis sur le marché le 1er octobre dernier. Des produits qui sont « ouverts à tous », insistent les responsables de Gènes Diffusion. L’entreprise de sélection a mis au point un kit de prélèvement conçu « le plus simple possible pour les éleveurs ». Une face collante fixe une pincée de poils arrachés sur l’extrémité de la queue de l’animal. La partie collante ne devant en aucun cas toucher les bulbes pileux qui contiennent l’ADN. Le prélèvement se replie dans une enveloppe transparente et est acheminé au siège de Gènes Diffusion (Douai), soit par l’intermédiaire de la coop d’insémination soit directement par courrier. Les résultats sont communiqués à l’éleveur soit par le portail web de GD Scan, soit par l’intermédiaire de sa coopérative. Le coût d’une évaluation génomique GD Scan est de 50 euros HT par femelle pour vingt femelles et plus et 230 euros HT par mâle.

Premières évaluation génomiques remises aux éleveurs

Profitant de cette conférence de présentation du nouveau dispositif d’évaluation génomique « GD SCAN Charolais », les responsables de Gènes Diffusion ont restitué les résultats des toutes premières évaluations génomiques réalisées pour des éleveurs. Le président de la section charolaise de l’Union Gènes Diffusion Patrick Desbrosses a ainsi remis, à chaque élevage, une fiche d’indexation génomique. Les éleveurs concernés sont Lionel Lespinasse (42) pour son taureau de monte naturelle Historien ainsi que quatre élevages exposants de femelles au Sommet de l’élevage : EARL Trottet (42), SCEA des Thevenots (71), Pierre-Olivier Rajot (42), LEPA Lycée agricole Chervé (42).

 

Sans corne, Degeram…

La génomique charolaise avance

Fruit de l’union de huit coopératives de mise en place - Ain Génétique Service (01), Apis Diffusion (85), Cecna (89), CIA Gènes Diffusion (59), Coopel (42), Coop.el.ia-Pierry (51), Elva Novia (71) ; Gènes Diffusion Ouest (35) -, le groupe Gènes Diffusion est impliquée dans plusieurs programmes collectifs. Mené en collaboration avec l’INRA, son travail sur le sans corne depuis vingt ans serait aujourd’hui « à la base de tous les programmes sans corne des différentes races ». Gènes Diffusion participe également au programme Degeram qui fédère l’ensemble des structures charolaises de Charolais France et concerne plus directement la région Bourgogne.

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