Un cap fixé à cinq ans pour la recherche génomique

Annick Conté - Réussir Lait Avril 2013

Un cap fixé à cinq ans pour la recherche génomique
L’arrivée du séquençage à haut débit permet ajourd’hui de caractériser le microbiote. DR

Agenae 3. Génomique fonctionnelle, épigénétique, nutrigénomique devraient permettre de sélectionner des animaux avec une meilleure efficacité alimentaire et plus résistants.

Dix ans après la création du GIS Agenae, les membres du GIS(1) se sont engagés le 28 février dernier sur un nouveau programme de recherche en génomique. « De nouveaux défis doivent être relevés pour répondre aux demandes nouvelles de la société, a expliqué Maurice Barbezant, de l’Unceia lors d’un colloque au SIA. Les animaux devront à l’avenir avoir une meilleure efficacité alimentaire, émettre moins de gaz à effet de serre, et présenter une plus grande résistance aux maladies. Des orientations fortes ont donc été prises pour répondre à ces objectifs.
La génomique fonctionnelle, qui permet d’expliquer le fonctionnement des gènes responsables des caractères d’intérêt, sera développée. « Un défi particulièrement important sera de réaliser le phénotypage le plus fin et le plus exhaustif possible afin d’avoir une interférence génotype/phénotype la plus sûre pour un grand nombre de caractères », a souligné Philippe Monget, directeur de l’Inra. Cela demande beaucoup d’argent et une bonne coordination. L’appréhension du métabolisme des animaux dans sa globalité sera également une priorité. « L’objectif est de prédire la valeur d’un animal à travers la mesure de quelques paramètres choisis, le plus tôt au cours de sa vie. »

Un impact des microorganismes intestinaux sur l’efficacité alimentaire

Deux nouveaux champs d’action seront ouverts. Le premier est l’épigénétique, autrement dit tous les mécanismes moléculaires qui permettent de modifier le fonctionnement du génome, à génome identique. « Il est possible qu’il existe une part transgénérationnelle ». L’épigénétique pourrait par exemple se traduire par un phénotype différent de l’animal après sa naissance, suivant que le fœtus a été porté par une VHP ou qu’il a été porté par une vache allaitante. Autre exemple : un stress alimentaire de la vache gestante subi par le fœtus in utero pourrait se répercuter sur le métabolisme de l’animal plusieurs années plus tard.
Le second nouveau domaine de recherche concerne la nutrigénomique, plus particulièrement l’impact du microbiote intestinal sur la digestion ou le système immunitaire. « L’abaissement des coûts de séquençage permettra bientôt de mieux quantifier les microorganismes présents dans le tube digestif ». Il permettra de maîtriser leur rôle sur différents caractères comme l’efficacité alimentaire, l’adaptation aux transitions, la réduction de la production de méthane ou encore la résistance immunitaire.
Enfin, une collaboration scientifique et technique au niveau européen et international est également à l’ordre du jour d’Agenae 3.

(1) Equipes de recherche de l’Inra et du Cirad et partenaires professionnels des filières d’élevage.

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