Génétique/Nouvelle technologie : La génomique, une révolution annoncée pour la sélection

François d'Alteroche

L'année 2008 a été marquée par de rapides avancées dans l'étude du génome des bovins. Les laitières seront les premières concernées. Les allaitantes prendront le train suivant.

« L'arrivée de la génomique est une révolution. C'est une avancée technique au moins aussi importante que l'avait été l'arrivée de la congélation du sperme à la fin des années cinquante », expliquait Serge Paran, président de l'Unceia et éleveur de Limousines dans le Cantal à l'occasion d'une journée de formation récemment organisée par Bovins croissance Auvergne. Si l'on fait un résumé très succinct de cette technique, l'utilisation de la génomique consiste à lire sur les chromosomes d'un animal si des gènes jugés intéressants sont présents ou non, et donc d'écarter rapidement les futurs reproducteurs qui n'en seraient pas dotés. L'évaluation de la valeur génétique d'un animal ne se ferait donc plus sur les performances de ses descendants comme jusqu'à présent avec le testage en ferme ou en station, mais sur l'analyse de son ADN.
Jusqu'à présent, l'évaluation génétique ne s'intéressait pas au génome, mais uniquement à son expression. Cette nouvelle méthode de détermination des index risque donc de remettre en question beaucoup de choses dans le domaine de la sélection animale. Elle devrait signer la fin du testage sur descendance mais pas celle du contrôle de performances qui resterait indispensable.

« C'est une révolution technique, mais aussi intellectuelle. Il faudra arriver à le mettre dans la tête des éleveurs. Ils ne le croiront et ne l'assimileront véritablement qu'au bout de quelques naissances quand ils constateront que les produits issus des taureaux sélectionnés grâce à cette technique correspondent bien à ce qui leur avait été annoncé », estimait Serge Paran.

Les chromosomes, support de l'information génétique de tout être vivant, seront au coeur du système d'évaluation génétique des bovins. (Sebastian Kaulitzki / Fotolia.com)

Les chromosomes, support de l'information génétique de tout être vivant, seront au coeur du système d'évaluation génétique des bovins. (Sebastian Kaulitzki / Fotolia.com)

 

Valable pour les taureaux et les vaches

Cerise sur le gâteau,cette nouvelle technique ne concernera pas les taureaux seulement. En effet, la précision des index sera la même pour les mâles et les femelles, ce qui pour ces dernières représente une réelle avancée technique. Auparavant, ce degré de précision sur les vaches était bien moindre puisque ces dernières avaient infiniment moins de descendants que les mâles. Désormais, qu'il s'agisse de mâles ou de femelles, les meilleurs reproducteurs pourront aussi être détectés plus précocement dès qu'il sera possible de leur faire une prise de sang. À partir de là, il sera possible de mieux raisonner les accouplements.

L'intensité de la sélection va donc s'accroître sur les voies mâle et femelle avec surtout la possibilité de réduire l'intervalle de temps entre deux générations. « Jusqu'à présent, avec le classique testage sur descendance, il nous fallait en race Holstein au minimum quatre ans à partir des premières inséminations de testage pour avoir les index du taureau. En Charolais, Limousin et Blonde d'Aquitaine, cette durée était sensiblement identique pour avoir les données sur les qualités maternelles avec le testage en station (Agonges, Moussours ou Casteljaloux). Entre le tout début du programme, avec la planification des accouplements raisonnés, et l'impact véritable du taureau sur le terrain avec l'entrée en production de ses premières filles de service, il se passait jusqu'à présent près de dix ans », expliquait Bernard Giraud, directeur de l'UALC. Désormais, il ne sera plus nécessaire de mesurer les performances de ses descendants pour évaluer un taureau. Avec la sélection et l'indexation par la génomique, on pourra connaître le potentiel génétique d'un animal seulement quelques semaines après sa naissance. Cette technique va donc considérablement accélérer le processus de sélection. « Et je suis même prêt à prendre le pari que d'ici quelques années on sera capable d'établir le même diagnostic non sur le veau mais sur l'embryon lui-même », s'enthousiasmait Serge Paran.

Plus rapide

Le facteur le plus limitant ne sera donc plus la durée du testage sur descendance. Ce sera la capacité du jeune taureau à être prélevé, avec pour seule nécessité d'attendre sa maturité sexuelle. Ce faisant, cette technique va accélérer le progrès génétique en raccourcissant l'intervalle entre générations. En prenant bien moins en compte le suivi généalogique des animaux, l'objectif des unités de sélection sera de procéder à des accouplements raisonnés entre les meilleurs mâles et femelles puis, par transplantations, de faire naître un nombre important de sujets. Ces derniers seront génotypés peu après leur naissance, puis à leur tour conservés ou éliminés.
De plus, le fait de tester sur descendance un taureau, qu'il soit laitier ou de race à viande (évaluation des qualités maternelles en station), coûte de l'ordre de 45 à 50 000 €/tête. À l'inverse, le montant d'un génotypage est actuellement de l'ordre de 250 €. Vu ce coût modique et puisque le testage sur descendance ne sera plus nécessaire, on pourra donc multiplier le nombre de ces analyses. Sans exclure évidemment les souches a priori les plus intéressantes, cela permettra d'aller tenter sa chance auprès de souches moins connue. L'arrivée de la génomique va aussi amener à diffuser des taureaux beaucoup plus jeunes avec un renouvellement et une offre probablement plus importants.

Des zones d'ombre

Pour l'instant, rappelons que cette technique ne concerne que les races laitières avec des avancées techniques tellement rapides ces derniers mois qu'elles sont allées nettement plus vite que le volet réglementaire ! Sur l'aspect législatif, il existe certaines zones d'ombre. Les règles de diffusion des taureaux génotypés ne sont pas encore connues. Et pour des raisons d'ordre réglementaire, technique et organisationnel, hormis des dérogations, la commercialisation officielle de semences de taureaux laitiers français génotypés ne devrait pas voir le jour avant 2010 en France.
Mais là où les tensions sont les plus palpables, c'est sur la question de la propriété de l'information issue du génotypage des femelles. La France tarde à prendre une décision, contrairement au Canada ou aux États-Unis. Outre-Atlantique, les choses sont claires : les éleveurs sélectionneurs ont immédiatement accès aux informations concernant leurs vaches.

Par contre, pour protéger les centres d'inséminations qui ont investi dans la sélection génomique, « les données issues du génotypage des taureaux sont protégées pendant cinq ans », expliquait Jacques Chesnais, responsable du programme de sélection de Semex-Alliance, une unité de sélection canadienne spécialisée dans la Holstein, à l'occasion du premier congrès organisé par l'interprofession génétique France Génétique Élevage (FGE).
Pour le cas du génotypage des femelles en France, Didier Boischard, chef du département génétique animale à l'Inra, a précisé que « dès que la méthode sera officielle (courant 2010) les index correspondants seront officiels et remplaceront les index actuels. Ils seront publics et le système sera ouvert aux utilisateurs ».

Source Réussir Bovins Viande Mai 2009

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