Litières et effluents d’élevage. Une source de contamination à maîtriser

Dr Didier GUERIN

Litières et effluents d’élevage. Une source de contamination à maîtriser

Déjections animales => Les litières et les effluents d’élevage représentent des sources potentielles de contamination. Pour chaque élevage, la connaissance du risque détermine les précautions d’utilisation pour une prévention sanitaire raisonnée.

De nombreux agents pathogènes responsables de maladies infectieuses ou parasitaires sont présents dans les secrétions ou les déjections animales, fécales ou autres. Les fumiers et lisiers sont concernés par cette situation et demandent donc la mise en place de précautions particulières lors de leur gestion.

Une population bactérienne conséquente, une présence virale persistante, quelques parasites de stabulation particulièrement résistants

Les litières concentrent les bactéries responsables des diarrhées, excrétées avec les fèces. De plus, les eaux fœtales, les sécrétions utérines et vaginales, les placentas peuvent contenir en grandes quantités les agents responsables des avortements et des infections génitales des ruminants. Enfin, des bactéries responsables de diverses infections cutanées, podales, ombilicales, rénales peuvent être évacuées vers les effluents avec les suppurations, l’urine et divers excrétats. A l’exception des formes sporulées, la durée des risques engendrés va de quelques jours à quelques mois. Les virus persistent plusieurs mois dans les déjections à des concentrations élevées et ne sont que faiblement touchés par les fermentations et l’élévation de température. Des maladies virales animales peuvent être transmises par les effluents d’élevage comme les gastro-entérites dues aux coronavirus ou rotavirus. Des parasites assurent leur recyclage par les bouses en stabulation, c’est le cas des coccidies et cryptosporidies ou des ascaris et strongyloïdes.

Des pathologies particulièrement à risques

Pour les diarrhées néonatales, le risque d’infection bactérienne et virale et d’infestation par les ookystes (coccidies, cryptosporidies) est donc élevé et durable. La pathologie évolue rapidement vers un stade d’épidémie avec des veaux présentant des excrétions massives d’éléments contaminants et donc une contamination massive du milieu. Les clostridies sont très résistantes dans le milieu extérieur. Sous leur forme de spore, elles peuvent survivre plusieurs années voire plusieurs dizaines d’années. Les maladies, dues aux clostridies, les plus connues sont les entérotoxémies, le tétanos ou le botulisme.La principale caractéristique du germe responsable de la paratuberculoseest son extrême résistance : 150 jours dans les fumiers.

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Un effet thermique accélérateur de la dynamique de contamination en stabulation…

Au delà de son implication dans la concentration des germes émis par les animaux par leurs différentes sécrétions (fèces, urines, sécrétions utérines et vaginales…), la litière peut être un agent accélérateur de la dynamique de contamination (augmentation du nombre de germes) lorsqu’elle est humide (ventilation insuffisante) et/ou épaisse (paillage surabondant, curage insuffisant). Ce risque est quantifiable par la prise de la température de la litière à 10 cm de profondeur qui ne doit pas excéder 36°C. Le fumier est donc à retirer lorsque la température interne de la litière atteint ou dépasse 36°C. Lors de présence d’humidité dans la stabulation, les asséchants litière vont permettre une limitation de ce risque. La multiplication des colibacilles étant facilitée lors de milieu alcalin, les asséchants à pH neutre seront à privilégier par rapport à ceux à pH basique.

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… puis épurateur dans les fumiers

Les fumiers contiennent une forte proportion de cellules générant des fermentations dont les processus thermiques limitent la survie des agents infectieux et des parasites. La teneur en matières solides et la température élevée atteinte des fumiers expliquent leur effet épurateur en quelques semaines. Par rapport aux fumiers, dans les composts, les réactions biochimiques en milieu aérobie provoquent des élévations de températures plus rapides et plus intenses d’une dizaine de degrés environ. Toutefois, diverses parties de ces deux types d’effluents n’atteignent pas uniformément des températures élevées : les parties superficielles du fait d’échanges thermiques avec l’air ambiant et les parties profondes si la quantité de paille est insuffisante. Il faut environ 8 kg de paille par animal et par jour pour atteindre 60°C en fermentation anaérobie et 70°C en fermentation aérobie. Si la durée de stockage du fumier, sans nouvel apport quotidien, est de l’ordre d’un mois, on obtient un seuil de sécurité suffisant.

Une persistance plus longue au sein des lisiers

Dans les lisiers de bovins, la température reste assez basse et assez constante (20 à 30°C). Ce phénomène est favorable à une survie des bactéries plus longue dans ce type d’effluent que dans les fumiers et dans les composts. Mais la compétition pour les substrats nutritifs avec les bactéries commensales, ces dernières étant beaucoup plus nombreuses, entraîne une disparition des bactéries pathogènes avec des durées de stockage de deux mois s’il n’y a pas de réensemencement quotidien par les fèces des animaux excréteurs. La seule difficulté du contrôle de la contamination des fosses reste la latence entre l’épandage et le remplissage total des fosses.

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Des précautions particulières lors de diarrhées néonatales ou de paratuberculose

Certains agents pathogènes s’avèrent plus résistants. La période d’un mois pour les fumiers ou deux mois pour le lisier se trouve alors insuffisante pour permettre un assainissement des effluents. Cela concerne essentiellement les diarrhées néonatales (résistance des agents viraux et parasitaires) et la paratuberculose (extrême résistance du germe). Cela implique qu’en cas de processus épidémique de diarrhée ou de présence de paratuberculose dans son élevage, l’utilisation des fumiers sur les prairies, en particulier pâturées par les jeunes, est à proscrire ou ne peut être réalisée qu’après une mise en tas minimum de 6 mois.

Une gestion des litières et effluents d’élevage à adapter en fonction des facteurs de risque de votre exploitation

La gestion des fumiers et lisiers est une composante de notre concept « Le sanitaire, j’adhère… », elle représente un facteur de risque à évaluer et maîtriser en fonction des spécificités de votre élevage, elle peut se résumer de la manière suivante :

  • La litière peut être facteur de dynamique de contamination => contrôler la température de la litière et curer lorsqu’elle atteint 36°C.
  • Le stockage est épurateur => stocker (sans nouvel apport quotidien) un mois pour les fumiers ou composts ou deux mois pour les lisiers.
  • La présence de maladies à germes résistants (paratuberculose, diarrhées néonatales…) nécessite une phase d’épuration plus longue => ne pas utiliser sur des prairies pâturées ou augmenter la durée de stockage à 6 mois.
  • Une contamination des matériels de transport et de manipulation des effluents d’élevage intervient => désinfecter, en particulier, les matériels utilisés collectivement.
  • La présence de maladies entraîne une contamination des stabulations => désinfecter les bâtiments concernés.

Pour plus de renseignements, contactez-nous et rendez-vous le 12 mars à notre journée portes ouvertes pour échanger sur ce sujet et d’autres…

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