L’expérience de sélection Utopige arrive à mi-parcours

Pascal Le Douarin - Réussir Aviculture Mai 2013

L’expérience de sélection Utopige  arrive à mi-parcours
Depuis trois ans, Novogen s’est lancé dans une expérience de sélection génomique en grandeur nature, ce qui le conduit à tester individuellement plus de 40 000 poules, notamment chez Gwénael Carrée en Bretagne. © P. Le Douarin

La faisabilité d’une sélection génomique pour la production d’œufs de consommation est en cours d’étude avec le programme de recherche Utopige, associant l’Inra et le sélectionneur de poules pondeuses Novogen.

La sélection génomique est devenue réalité en bovins laitiers. Pour les principales races, le génotypage des taureaux candidats a désormais remplacé le testage sur descendance. Un aussi grand bouleversement des schémas de sélection est-il envisageable pour les espèces porcines et avicoles ? Pour y répondre, des chercheurs de quatre laboratoires de l’Inra (Rennes, Toulouse, Jouy-en-Josas, Le Rheu), d’instituts (Ifip et Sysaaf) et des sélectionneurs (le consortium Bioporc et l’entreprise Novogen) ont décidé de collaborer dans le programme Utopige. Lancé en 2011 pour une durée de quatre ans et pour un coût global de plus de 3,5 millions d’euros, il a bénéficié d’une aide d’un million d’euros par l’Agence Nationale de la Recherche.
En lançant une expérience de sélection génomique en grandeur nature, il s’agit de préparer le terrain d’une nouvelle méthodologie de sélection adaptée aux schémas en croisement. En porc et volaille, des lignées pures sont utilisées pour produire exclusivement des mâles, d’autres des femelles, puis croisées.

500 coqs à génotyper et 40 000 filles à mesurer

Pour le volet avicole d’Utopige, c‘est une lignée mâle Novogen qui a été choisie. Actuellement, pour calculer la valeur génétique de ces coqs sur les caractères de reproduction, on doit mesurer les performances de leurs filles. Cela prend du temps, surtout si l’on s’intéresse à la persistance de ponte.
La première phase, en cours d’achèvement, a consisté à établir le tableau de correspondance entre les marqueurs génétiques de coqs de référence et les performances de leurs filles.
Cinq cents coqs, répartis sur trois générations décalées de six mois(1), ont été utilisés. Pour chaque coq, on a mesuré les performances de quatre-vingts filles élevées en conditions du terrain sur une trentaine de critères (nombre d’œufs, qualité, poids des poules par famille). Au total, environ 40 000 filles ont été réparties en trois lots. Les chercheurs ont ajouté une variable supplémentaire, avec l’idée de répondre à la question suivante : « Est-il possible de détecter des types génétiques dont les produits commerciaux seront adaptés à des conditions d’élevage différentes ? »
Les poules filles ont été séparées en deux sous-lots, l’un nourri avec un aliment à basse énergie (formulation type Asie ou Inde) et l’autre à haute énergie (formulation type USA). Enfin, se sont ajoutées des données des performances de 5 000 poules sœurs des coqs (dix par individu).

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Aliment basse énergie (à gauche) et haute énergie. Utopige cherche à vérifier si, au sein d’une même lignée, certains génotypes sont plus adaptés que d’autres à tel ou tel aliment. © P. Le Douarin

Trois valeurs génomiques peuvent être calculées

« 440 génotypages ont finalement été réalisés, précise Pascale Le Roy, de l’Inra. Après analyse des 580 000 marqueurs potentiellement utilisables, nous avons retenu les 300 000 apportant une information exploitable. » Malgré cela, il reste 132 000 000 données de génotypage à gérer et 1 200 000 données sur les filles des coqs. Pour donner plus de force à l’expérience, les chercheurs ont choisi de se focaliser sur un seul critère, celui de l’intensité de ponte entre 50 et 75 semaines. « Plus on ajouterait de critères et plus on aurait des difficultés à conclure, compte tenu de la taille relativement faible de notre population de coqs de référence », précise Pascale Le Roy.
Les chercheurs peuvent établir trois tableaux de correspondance et calculer trois valeurs génomiques par coq : une à partir des données des sœurs en sélection, une avec celles des filles avec l’aliment basse énergie, et une avec celles des filles avec l’aliment haute énergie.
Les premiers résultats de correspondance, non définitifs, sont encourageants. « On arrive à faire un classement différent des coqs, en fonction de la qualité de l’aliment ingéré par leurs filles. » C’est prometteur pour la suite du programme.
La seconde phase d’Utopige va démarrer cette fin d’année, avec la mise en place du lot de 3 200 poules issues de 40 coqs, descendants des 440 coqs précédents et choisis parmi 600 animaux génotypés. « À partir de la prédiction génomique, on va prendre les dix meilleurs et les dix moins bons pour l’intensité de ponte, aussi bien en aliment basse qu’en haute énergie. Peut-être que certains coqs seront dans les deux catégories. » Si le modèle de prédiction génomique fonctionne, les performances de leurs filles confirmeront ce classement. Le verdict est attendu pour début 2015.

(1) L’effectif normal d’une génération de coqs en phase de sélection est de 150 individus, dont 50 sont conservés pour produire la génération suivante.

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