Détection, diagnostic, prévention : la recherche accélère et innove

L’Inrae (Institut national pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement) a récemment fait état des travaux que l’institut mène pour contribuer à la santé des élevages, indispensable au bien-être des animaux mais aussi au bon fonctionnement et à la rentabilité des exploitations. Des maladies dont le poids économique est tout sauf neutre : en Europe, elles sont responsables d’environ 20 % des pertes de production annuelles ; en France, cela se chiffre à plusieurs dizaines de millions d’euros chaque année, plusieurs dizaines de milliards à l’échelle de la planète. Les équipes de recherche de l’Inrae sont mobilisées, aux côtés de nombreux partenaires, pour comprendre les mécanismes de propagation et d’infection des agents pathogènes, améliorer et contribuer à la surveillance sanitaire et développer des méthodes de prévention.
Elles sont aujourd’hui aidées en cela par l’essor des technologies du numérique en élevage, et elles s’appuient de nouveaux outils de détection et diagnostic précoces. Parallèlement, ces technologies contribuent à l’amélioration des modèles de prévision et de surveillance nécessaires à éclairer les décideurs publics dans la gestion des maladies.
Une appli pour alerter sur les maladies respiratoires
S’agissant de la surveillance en élevage et dans le cadre d’un projet conjoint mené par l’Inrae et l’Idele (Institut de l’élevage), les scientifiques ont développé “Connect-BRD”, un outil d’aide à la décision pour alerter les éleveurs d’un risque de maladie respiratoire des jeunes bovins et les inciter à intervenir rapidement. Cet outil, complémentaire de la surveillance visuelle par l’éleveur, utilise l’intelligence artificielle pour analyser les données issues de capteurs individuels sur les animaux (colliers mesurant, à partir des mouvements, les activités de rumination, alimentation, repos...) couplées à des modèles épidémiologiques sur les maladies respiratoires. En simulant et comparant différents scénarios sanitaires grâce à l’IA, l’outil envoie une alerte avec des recommandations d’action : traitement vétérinaire individualisé d’un animal présentant des signes précoces, vérification de la température des animaux... Les dispositif a été testé dans neuf élevages volontaires sur les quatre premières semaines d’engraissement, période propice à l’émergence de ces maladies. Encore en phase d’évaluation, Connect-BRD pourrait être amélioré par le couplage des capteurs aux boucles d’identification des bovins. Un enjeu de taille quand on sait que ces maladies respiratoires représentent 70 % à 80 % des problèmes de santé des jeunes bovins en ateliers d’engraissement spécialisés et la première cause de mortalité chez les veaux de 2 à 6 mois. Provoquées principalement par des virus et surinfections bactériennes, elles génèrent des pertes de revenus évaluées entre - 11 et - 26 %.
Autre innovation toujours relative aux maladies respiratoires, mise au point par l’Inrae et ses partenaires (Oniris, l’ENVT, l’Idele et le CEA-Leti) : un capteur analysant l’air expiré par le bovin et identifiant l’agent pathogène en 30 minutes sans passage par la case laboratoire. Cette technologie brevetée et dont la commercialisation est prévue d’ici 2027 par la start-up Nawu-diagnostics, vise à démocratiser l’identification des pathogènes des maladies respiratoires, jusqu’à présent peu pratiquée car invasive (prélèvement dans les naseaux), coûteuse et chronophage.
Diagnostic toujours, cette fois de la paratuberculose : l’Inrae et l’Institut Pasteur ont conçu un nouveau test sérologique, Elisa, permettant de détecter spécifiquement les anticorps de la myo-bactérie Map responsable de cette maladie pour laquelle il n’existe à ce jour aucun traitement. Ce nouveau test, actuellement évalué par un industriel du diagnostic vétérinaire, “serait une innovation majeure pour le diagnostic et donc la gestion de la paratuberculose bovine”, fait valoir l’institut de recherche.
Paratuberculose : sélection des vaches résistantes
Au registre de la prévention, les scientifiques s’intéressent parallèlement à la sélection d’animaux résistants à la paratuberculose. Dans le cadre d’un consortium de recherche lancé en 2014, des travaux conduits sur les races holstein et normande ont démontré l’existence d’un déterminisme génétique de la résistance à la maladie. Des indicateurs
génomiques ont ensuite été obtenus à partir d’une large population de référence dans chaque race. Chaque bovin se voit ainsi désormais attribuer un des quatre indicateurs génomiques suivants - très sensible, sensible, standard ou résistant à la paratuberculose - utilisé pour écarter de la reproduction dans la race les animaux les plus sensibles et pour choisir les porteurs de résistance dans les élevages exposés à la maladie. Ces recherches se poursuivent pour étendre à d’autres races (limousine, blonde d’Aquitaine) l’évaluation de la résistance génétique à la para-tuberculose.
De la même façon, les chercheurs de l’Inrae ont élaboré un protocole afin d’évaluer la résistance des béliers aux strongles gastro-intestinaux et estimer les valeurs génétiques et génomiques de leur résistance à des fins de sélection. Ce service est aujourd’hui disponible pour l’ensemble des races ovines et caprines ; il a déjà été étendu aux races blanche du Massif central, limousin, lacaune, causses du Lot... L’objectif est double : augmenter la résistance des animaux aux parasites et réduire l’usage d’antiparasitaires et les surcoûts liés à l’infection, en parallèle d’une conduite adaptée du pâturage et d’une gestion optimisée des traitements.