Influenza aviaire : les enseignements de l’Anses après l’épizootie record de 2021-2022

L’Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (Anses) s’est livrée à un examen approfondi de la dernière épizootie d'influenza aviaire, dont l’ampleur a fait poindre de nouvelles vulnérabilités, s’agissant de la biosécurité, de la sauvegarde des filières de sélection génétique ou encore de la gestion des cadavres. Avec en filigrane le risque zoonotique.

Avec 1378 foyers et 16 millions de palmipèdes et volailles abattus, dont 11 millions dans Grand Ouest (Loire-Atlantique, Vendée, du Maine-et-Loire et des Deux-Sèvres), l’épizootie 2021-2022 d’Influenza aviaire hautement pathogène (IAHP) due majoritairement au virus H5N8 clade 2.3.4.4.b a battu tous les records. En 2020-2021, année de référence, le nombre de foyers en élevage s’était établi à 492 foyers (dont 475 dans les régions Nouvelle-Aquitaine et Occitanie) et le nombre d’animaux abattus à 3,3 millions. L’Etat a budgété un total de 760 millions d’euros d’indemnisation.

Un changement de profil épidémiologique

La dernière épizootie restera-t-elle dans les annales ou préfigure-t-elle un niveau d’intensité potentiellement reproductible dans les années à venir ? La seconde hypothèse est à craindre. Selon l’Anses, la persistance du virus H5N8 clade 2.3.4.4.b au niveau mondial au cours des dernières années et sa circulation désormais ininterrompue au sein de l’avifaune sauvage migratrice, suggèrent un changement dans le profil épidémiologique. La maladie pourrait désormais se manifester par des réintroductions à l’origine d’épizooties récurrentes, voire à une endémisation du risque au travers d’une possible implantation virale au sein de l’avifaune locale non migratrice.

La détection précoce mise en défaut

La surveillance événementielle n’a parfois permis de détecter des foyers qu’après un délai de plusieurs jours d’infection et d’excrétion, soit du fait d’un développement à bas bruit des signes cliniques au sein de lots de galliformes, soit du fait d’une absence de signes cliniques pendant de nombreux jours (jusqu’à 10) sur des lots de palmipèdes, en particulier canards mulards. S’agissant de la surveillance programmée, instaurée par l’arrêté ministériel du 29 septembre 2021, l’Anses fait mention de plusieurs cas de diffusion de l’IAHP en lien avec des mouvements de palmipèdes prêts à engraisser dans le Lot et en Lot-et-Garonne. Dans les Pays de la Loire, les mouvements en filières canards de chair, dans le cadre des enlèvements multiples en deux phases vers l’abattoir (les femelles puis les mâles deux semaines plus tard), pourraient avoir contribué à la diffusion de l’épizootie au démarrage de la flambée dans le Grand-Ouest, aucune surveillance ne s’appliquant sur les mouvements de cette production. Ainsi, la surveillance programmée, telle que prévue, s’est avérée insuffisante au cours de cette épizootie.

Une introduction par l’avifaune sauvage...

La majeure partie des introductions initiales en élevage est liée à la faune sauvage infectée, dans un contexte de très forte pression virale environnementale, comme en témoigne la multitude de cas d’IAHP dans l’avifaune signalée en Europe par la veille internationale. La diversité des génotypes (au moins 8 différents) témoigne de de multiples introductions au niveau national voire même local.

... profitant de failles de biosécurité...

Passage quotidien du personnel d’un bâtiment à l’autre sans changement de tenue et bottes, entrée quotidienne de la pailleuse sans mesure de biosécurité́ dans les bâtiments ou sortie des animaux sur un parcours réduit lors du repaillage quotidien : en dépit des efforts accomplis par les éleveurs (mise à l’abri des oiseaux notamment), des failles dans l’application des mesures de biosécurité́ quotidiennes et systématiques ont pu être constatées. Certaines tournées d’équarrissage et de livraisons d’aliment pourraient être incriminées.

... et de la densité d’élevages

La très forte densité́ d’élevages et la présence concomitante de plusieurs espèces de volailles dont les palmipèdes (canards gras, canards maigres et palmipèdes reproducteurs), particulièrement réceptifs à l’infection, ainsi que de tous les opérateurs des différents maillons des filières, ont également généré́ au quotidien de multiples mouvements d'animaux, de personnes et de véhicules, augmentant les risques d’introduction.

La biosécurité ordinaire impuissante...

Dans le Sud-Ouest (Landes, Pyrénées Atlantiques, Hautes Pyrénées et Gers), au sein des zones extrêmement denses en élevages, notamment de canards, très réceptifs et très excréteurs, la biosécurité ordinaire en élevage ne suffit pas à maîtriser la diffusion de l’infection, juge l’Anses. Dans le Grand Ouest, l’Anses en est encore au stade des hypothèses après la diffusion massive et simultanée constatée les 25, 26 et 27 février. Parmi les pistes étudiées figurent le transport de lots contaminés asymptomatiques, la présence concomitante sur une zone géographique relativement limitée de l’ensemble des maillons des différentes filières avicoles, une diffusion via les équipes d’attrapage, en particulier pour les lots en enlèvements multiples et les lots avec mouvements entre élevages (canards maigres, canards gras, dindes...) ou encore la voie aéroportée à faible distance. Là encore, malgré le bon niveau de biosécurité, celle-ci s’avère en-deçà de que qu’exige la pression virale.

... face à la densité d’élevages

Qu’il s’agisse de l’introduction ou de la diffusion du virus, qu’il s’agisse du Sud-Ouest ou du Grand Ouest, contexte actuel des virus du clade 2.3.4.4.b, l’Anses pointe un dénominateur commun : la densité d’élevage. Dans le Sud-Ouest, l’Anses recommande de réduire drastiquement les densités d’élevages et le nombre de canards par élevage en période à risque, ainsi que les mouvements d’animaux et les distances de transport, en veillant à préserver les zones indemnes. Dans le Grand Ouest, la multiplicité des productions, associée à la multitude d’opérateurs des filières correspondantes, intervenant dans toutes les activités d’élevages, est considérée comme très probablement le facteur de risque principal de la diffusion du virus.

Modélisation et base de données

Reste à définir le nombre d’élevages et d’animaux susceptible de contenir l’épizootie avec une biosécurité ordinaire sinon renforcée. L’Anses s’est livrée à ses premiers travaux de modélisation en production de palmipèdes. Ils indiquent qu’une baisse de 20% de la densité́ d’élevages de canards dans les communes à plus forte densité́ ne suffit pas à enrayer l’épizootie, mais parvient au moins à la ralentir, facilitant ainsi la mise en œuvre des actions de dépeuplement des foyers et d’élimination des cadavres. L’Anses estime que des travaux supplémentaires de modélisation sont nécessaires pour affiner cette approche et pour prendre notamment en considération la densité́ d’oiseaux (nombre d’oiseaux présents par élevage à l’instant T) en plus de la densité́ des élevages. Ce travail de modélisation est indissociable de la mise au point d’une base de données centralisée recensant en temps réel l’ensemble des données relatives aux élevages de volailles, au nombre d’oiseaux dans les élevages à l’instant T, aux mouvements des volailles et aux foyers.

Délocaliser, à moyen-long terme, les élevages de grands parentaux

En ce qui concerne le Grand Ouest en particulier, l’Anses pointe du doigt la stratégie adoptée à l’égard des élevages de canards reproducteurs, en nombre important sur la zone réglementée. Le maintien des élevages de reproducteurs infectés, dans le but initial de sauvegarder la génétique, mais mise en œuvre de façon élargie pour permettre de produire des canetons en vue du repeuplement des anciennes zones infectées, a représenté́ un risque non nul de diffusion du virus à partir de ces élevages excréteurs, indique l’Anses. L’épizootie survenue dans le Grand-Ouest a mis en exergue la fragilité́ de certaines filières de sélection qui, rassemblées en grande partie dans une zone très dense en élevages de volailles de tous types, se sont trouvées « prises dans la nasse » de cette épizootie, non seulement en termes de limitation aux mouvements en zone règlementée, mais aussi en termes d’infection, plusieurs élevages de grands parentaux se retrouvant eux-mêmes touchés par l’IAHP (H5N1). Outre le renforcement de la biosécurité, l’Anses préconise à moyen et long terme une relocalisation des élevages grands parentaux hors des zones humides,, des Zones à risque particulier (ZRP) et des Zones à risque de diffusion (ZRD).

Repenser les outils de dépeuplement et d’élimination des cadavres

Dans le Grand-Ouest, la flambée épidémique a engendré le débordement des capacités d’euthanasie et d’élimination des cadavres, occasionnant des entorses au bien-être animal, des sources d’épuisement des opérateurs et de mal-être et de traumatisme chez les éleveurs, tout en jouant un rôle dans le maintien et la diffusion de l’infection (maintien d’oiseaux excréteurs en vie, dans l’attente des équipes d’euthanasie, déplacement d’oiseaux éventuellement infectés et excréteurs vers des abattoirs...). L’Anses juge indispensable de repenser les outils de dépeuplement des foyers et d’élimination des cadavres. Outre la mise sur pied d’un plan d’urgence en amont d’une épizootie, des réflexions doivent être menées sur les alternatives à l’équarrissage en cas d’épizootie, telles que l’enfouissement sur place, le stockage temporaire ou définitif dans les ISDND (Installation de stockage de déchets non dangereux), l’utilisation d’incinérateur mobile, voire le compostage.

Un enjeu de santé publique, du fait du risque zoonotique

L’Anses rappelle que la lutte contre l’IAHP est n’est pas seulement un enjeu de santé animale et de production avicole, mais également un enjeu de santé publique. Le nombre élevé́ d’évènements de franchissement de la barrière d’espèce des oiseaux aux mammifères constaté au niveau international durant cette année est synonyme la sélection de souches de virus d’influenza aviaire possédant une virulence et une capacité́ de transmission accrues chez les mammifères, indique l’Anses. Ces évènements sont d’autant plus fréquents que les foyers IAHP se multiplient, occasionnant une multiplication des occasions de mutations et réassortiments, ainsi qu’une multiplication des occasions d’exposition des humains, ou d’autres espèces réceptives comme le porc, d’autant plus si elles se manifestent dans des zones à forte production animale. L’Anses recommande ainsi aux autorités sanitaires médicales et vétérinaires d’aborder ensemble la question de la surveillance des personnes exposées.

Une piste vaccinale circonscrite et très hypothétique

En mai dernier, le ministère de l’Agriculture a entériné l’expérimentation de vaccins sur un petit nombre de lots de canards mulards, avec deux objectifs : évaluer leur effet sur la réduction de l’excrétion et sur le ralentissement de la diffusion du virus. Les résultats complets ne sont pas attendus avant 2023. L’Anses se montre très prudente, du fait que l’expérimentation ne concerne que les palmipèdes (des essais sont en cours sur d’autres espèces de volailles au sein de l’UE) et qu’il existe toujours un risque d’inadéquation entre la souche émergente et l’antigène inclus dans le vaccin. Le cas échéant, la vaccination devrait aussi relever les réticences de certains pays à son égard, avec à la clé une menace commerciale se substituant à une menace sanitaire. Et de rappeler qu’une stratégie vaccinale ne peut venir en substitution des autres mesures de contrôle, dont la biosécurité et la mise à l’abri.