Mercredi 26/08/2026
Dans le paléogénome des blés et orges, les germes de leur « futuro-génome »
La reconstitution de génomes anciens et fondateurs des espèces cultivées ouvre des perspectives d’adaptation aux défis actuels, comme la tolérance à la sécheresse ou la date de floraison, selon une étude de l’INRAE, de l’université Clermont Auvergne et du CNRS.
Le futur des blés et des orges, et plus largement de toutes les espèces cultivées, est écrit dans leur paléogénome : c’est la conclusion d’une étude menée par des équipes de recherche de l’INARNRAE, de l’université Clermont Auvergne et du CNRS, publiée dans Molecular plant et Nature plants.
La reconstitution de 10 génomes anciens, des paléogénomes, d’ancêtres communs de 84 espèces de plantes d’intérêt agronomique, remontant à plus de 200 millions d’années et fondateurs des espèces actuelles, a permis d’identifier des gènes communs aux différentes espèces qui ont été conservés au cours de l’évolution. Ils ont potentiellement un rôle clé dans l’adaptation à des contraintes environnementales comme la la tolérance à la sécheresse ou la date de floraison. L’étude comparative, en particulier des gènes du blé et de l’orge, a permis d’identifier une centaine de variants de gènes ayant des rôles clés dans l’adaptation de ces plantes cultivées à différents climats au cours de leurs 10.000 ans de domestication et de sélection par l’humain.
Deux outils en accès libre
Dans le cadre de ces travaux, deux outils informatiques en accès libre et gratuits, exploitables par la communauté scientifique et les sélectionneurs privés, ont été développés. Le premier, nommé AGR (Ancestral genome reconstruction), permet la comparaison de génomes de plantes modernes et la reconstruction de paléogénomes fondateurs disparus délivrant un répertoire expertisé de gènes conservés entre espèces. Le second, OrthoViewer, est une base de données d’accès à ces gènes conservés pour 84 espèces de plantes d’intérêt agronomique, intégrant 1 142 gènes décrits dans la littérature scientifique pour leur fonction biologique et leur intérêt agronomique. Ce catalogue de gènes conservés permet de comparer, entre espèces, les données de diversité génétique disponibles à l’échelle mondiale et d’identifier des variants génétiques adaptatifs sélectionnés conjointement chez différentes espèces et ayant un potentiel intérêt pour la sélection variétale.