Lundi 20/04/2026
Le contrôle unique des exploitations (enfin) opérationnel
Annoncé en janvier 2024, un décret entérine la création d’une instance départementale de coordination des contrôles administratifs réalisés sur place, visant à faciliter la mise en œuvre de l’objectif d’un contrôle unique annuel des exploitations.
Le décret 2026-295 du 17 avril et publié au Journal officiel le 19 avril institue, dans chaque département, une Mission inter-services de l’agriculture (Misa) dont l’objectif est de « faciliter la mise en œuvre de l’objectif d’un contrôle unique annuel par exploitation agricole dans le respect du cadre juridique en vigueur ». Présidée par le Préfet et animée par le directeur de la DDT(M), la Misa propose une « programmation indicative des contrôles administratifs programmables les services déconcentrés des administrations civiles et les établissements publics de l’Etat ainsi que les caisses de mutualité sociale agricole réalisent sur place dans les exploitations agricoles ». Pas moins de 17 organismes et services sont ainsi sous al tutelle de la Misa.
La programmation tient compte des engagements européens et internationaux de la France et des objectifs nationaux et exigences réglementaires existants s’appliquant à chaque type de contrôle, des enjeux de sécurité, de santé publique et de protection de l’environnement, de l’équilibre géographique des contrôles, du calendrier des travaux agricoles et des circonstances climatiques, sanitaires ou économiques et enfin des programmations sectorielles existantes, notamment le plan de contrôle inter-services annuel pour l’eau et la nature. « La mission inter-services de l’agriculture n’est pas prévenue, avant leur réalisation, des contrôles qui tendent à la détermination de l’assiette et au recouvrement des impôts et recettes publiques, à l’établissement des cotisations et prestations sociales, à la vérification du respect de mesures de police administrative ou à l’inspection de la législation du travail ».
« Choc de simplification »
L’évocation du contrôle unique remonte au mois de janvier 2024, au cours d’un premier hiver de colère agricole, et auquel le Premier ministre d’alors, Gabriel Attal, avait répondu par l’annonce d’un « choc de la simplification » comptant dix premières mesures de simplification à effet « immédiat », dont l’instauration d’un contrôle unique. « La vérité m’oblige à dire que depuis plusieurs années, les agriculteurs ont le sentiment de faire face à un Etat qui contrôle, plus qu’il n’accompagne » avait dit le Premier ministre près du barrage de Carbonne (Haute-Garonne).
En, octobre de la même année, la ministre de l’Agriculture Annie Genevard signait une circulaire donnant instruction aux préfets de coordonner l’ensemble des contrôles administratifs concernant le secteur agricole avec l’objectif d’un seul passage par an et par exploitation, à l’exclusion des contrôles relevant du champ judiciaire, fiscal et de l’inspection de travail ainsi que de la MSA.
Ce que cela change concrètement pour les agriculteurs
Un agriculteur qui aurait pu être contrôlé plusieurs fois dans une même année sur son stock de produits phytosanitaires, ses bâtiments d’élevage, l’identification des animaux, la conditionnalité des aides PAC (dont BCAE), la directive nitrate, la directive oiseaux et habitats, les Indemnités compensatoires de handicaps naturels (ICHN), l’aide laitière ou bovins allaitants, la police de l’eau…. pour ne citer qu’une partie des points de contrôle existants sur une exploitation, n’aura désormais plus qu’un seul de ces contrôles dans l’année grâce à la programmation des contrôles par le Préfet.